- Лаборатория эндогенной геодинамики и неотектоники им. В.И. Макарова
- Лаборатория экзогенной геодинамики и анализа геологического риска
- Лаборатория Грунтоведения и механики грунтов
- Лаборатория Гидрогеоэкологии
- Лаборатория Геокриологии им. Г.З. Перльштейна
- Лаборатория Геоэкологии г. Москвы и городских агломераций
- Лаборатория Дистанционного мониторинга геологической среды
- Лаборатория Исторических природно-технических систем и геоинформатики
- Лаборатория Изучения состава и свойств грунтов
- Лаборатория Инженерной геофизики и сейсмического микрорайонирования
- Отдел информационно-измерительных систем