ИГЭ РАН - базовый институт Научного совета РАН по проблемам геоэкологии, инженерной геологии и гидрогеологии. Совет создан в 1999 г. при Отделении наук о Земле РАН (постановление Бюро ОНЗ РАН №13000/1-2 от 19.02.2019 г.)на основе существовавшего с 1966 г. Научного Совета АН СССР по инженерной геологии и грунтоведению, который возглавлял академик Е.М.Сергеев. В действующем составе Совет насчитывает 50 членов.
Научный совет РАН представляет собой межведомственный научно-консультативный и экспертный орган, работающий на общественных началах с целью организации, координации проведения научно-исследовательских работ по различным направлениям науки и практического внедрения полученных результатов.
На базе Научного совета РАН проводятся различные международные и всероссийские научные конференции, семинары и круглые столы, в том числе: ежегодная научная конференция «Сергеевские чтения» и Всероссийская научно-практическая конференция по проблемам снижения природных опасностей и рисков - «ГЕОРИСК». В последнее десятилетие при участии Научного совета РАН были организованы крупные мероприятия: Международная конференция МАИГ «Инженерная защита территорий и безопасность населения: роль и задачи инженерной геологии» -ENGEOPRO (г. Москва, 2011); Семинар по проблемам инженерного карстоведения (г. Дзержинск, 2012), Всероссийская научно-практическая конференция «Современные проблемы гидрогеологии, инженерной геологии и геоэкологии Урала и сопредельных территорий» (г. Екатеринбург, 2011, 2013); Международный симпозиум под эгидой МАИГ «Экологическая безопасность и строительство в карстовых районах» (г. Пермь, 2015) и др.
Научный совет проводит расширенные заседания, посвященные обсуждению актуальных научных и научно-организационных вопросов: законодательные и нормативные документы в области лицензирования и проведения инженерных изысканий (2009); фундаментальные и научно-методические результаты создания комплекта крупномасштабных геологических карт территории Москвы (2010); инженерно-геологические проблемы обустройства Керченского транспортного перехода (2014); гидрогеологические проблемы водоснабжения Крымского полуострова (2014); возможные последствия подъема уровня Чебоксарского водохранилища (2015); методы и средства переработки отходов производства и потребления (2016); анализ существующих природных опасностей на территории г. Москвы и обеспечение безопасности объектов и населения города (2018); оценка карстовой опасности в строительной нормативной документации РФ (2019); размещение мусороперерабатывающего предприятия в Киржачском районе Владимирской области (2019). Также в 2019 г. было проведено совместное заседание Научного совета РАН по проблемам геоэкологии, инженерной геологии и гидрогеологии и Научного совета РАН «Водные ресурсы суши» на тему «О целесообразности строительства Нижегородского низконапорного гидроузла».